La verdad es que releyéndolo es cierto que no queda muy claro.

Si por ejemplo la web tiene 3 secciones (home, work y about) y estamos utilizando algún lenguaje de servidor, se trataría solamente de incluir entre las etiquetas noscript de la página principal donde reside el swf los contenidos de esas tres secciones y un menú simple que permita navegarlos. Luego podremos hacer que la página muestre una u otra sección según una variable que le enviamos en get, algo como:

example.com/?seccion=home

los elementos de ese menu html llevarían ya los links que dirigen todos a la misma página, pero con opciones diferentes.

Recuerda que todo lo que pasa en el bloque noscript será visible solamente a browsers que no ejecutan JavaScript (básicamente los spiders de los buscadores).

Para hacerlo aun más seo-friendly, puedes poner un htaccess con un mod_rewrite que convierta example.com/work en example.com/?seccion=work, o algo similar.

Al final lo que te debería quedar es solo una página html, pero que recibiendo según qué variables renderiza (en el bloque noscript) un contenido u otro.

Si no usas un lenguaje de servidor como php, no te queda otra que hacer esto mismo pero creando realmente la estructura de carpetas y poniendo en cada una el mismo html, pero con contenidos distintos en el noscript.

Esto último es bastante más engorroso, especialmente para sitios grandes, y dado que la lógica que habría que implementar en php es muy simple, yo recomendaría la primera opción.

Saludos!